;; topology file for negatively charged POPG lipid, created by Wei Zhao ;; D-POPG and L-POPG are built up separately according to their chiralities with C4(see the molecular ;; structure for labeling) ;; Needs lipid.itp (http://moose.bio.ucalgary.ca/) or ;; one can use Gromacs force-field files (ffgmx*.itp) with incorporated ;; parameters from lipid.itp (available through http://www.gromacs.org/). ;; ;; If you use this, please include the following reference: ;; ;; "Atomic-scale structure and electrostatics of anionic POPG lipid bilayers ;; with Na+ counterions", W. Zhao, T. Rog, A.A. Gurtovenko, ;; I. Vattulainen, and M. Karttunen, submitted ;; ;; Web: www.softsimu.org ;; [ moleculetype ] ; Name nrexcl DPOPG 3 [ atoms ] ; nr type resnr residu atom cgnr charge mass 1 HO 1 DPOPG H1 0 0.4170 1.0080 ; qtot:0.36 2 OA 1 DPOPG O2 0 -0.5740 15.9994 ; qtot:0.72 3 LH2 1 DPOPG C3 0 0.1570 14.0270 ; qtot:1.08 4 LH1 1 DPOPG C4 1 0.1570 13.0190 ; qtot:0.76 5 OA 1 DPOPG O5 1 -0.5740 15.9994 ; qtot:1.0 6 HO 1 DPOPG H6 1 0.4170 1.0080 ; qtot:1.0 7 LC2 1 DPOPG C7 2 0.4000 14.0270 ; 8 LOS 1 DPOPG O8 2 -0.800 15.9994 ; qtot:0.54 9 LP 1 DPOPG P9 2 1.700 30.9738 ; qtot:2.3 10 LOM 1 DPOPG O10 2 -0.800 15.9994 ; qtot:1.5 11 LOM 1 DPOPG O11 2 -0.800 15.9994 ; qtot:0.7 12 LOS 1 DPOPG O12 2 -0.700 15.9994 ; qtot:0 13 LC2 1 DPOPG C13 3 0.400 14.0270 ; qtot:0.08 14 LH1 1 DPOPG C14 3 0.300 13.0190 ; qtot:0.52 15 LOS 1 DPOPG O15 3 -0.700 15.9994 ; qtot:-0.14 16 LC 1 DPOPG C16 3 0.7000 12.0110 ; qtot:0.56 17 LO 1 DPOPG O17 3 -0.700 15.9994 ; qtot:0.0 18 LP2 1 DPOPG C18 4 0.0 14.0270 ; qtot: 19 LP2 1 DPOPG C19 5 0 14.0270 ; qtot: 20 LP2 1 DPOPG C20 6 0 14.0270 ; qtot: 21 LP2 1 DPOPG C21 7 0 14.0270 ; qtot: 22 LP2 1 DPOPG C22 8 0 14.0270 ; qtot: 23 LP2 1 DPOPG C23 9 0 14.0270 ; qtot: 24 LP2 1 DPOPG C24 10 0 14.0270 ; qtot: 25 LH1 1 DPOPG C25 11 0 13.0190 ; qtot: 26 LH1 1 DPOPG C26 12 0 13.0190 ; qtot: 27 LP2 1 DPOPG C27 13 0 14.0270 ; qtot: 28 LP2 1 DPOPG C28 14 0 14.0270 ; qtot: 29 LP2 1 DPOPG C29 15 0 14.0270 ; qtot: 30 LP2 1 DPOPG C30 16 0 14.0270 ; qtot: 31 LP2 1 DPOPG C31 17 0 14.0270 ; qtot: 32 LP2 1 DPOPG C32 18 0 14.0270 ; qtot: 33 LP2 1 DPOPG C33 19 0 14.0270 ; qtot: 34 LP3 1 DPOPG C34 20 0 15.0350 ; 35 LC2 1 DPOPG C35 21 0.50 14.0270 ; qtot: 36 LOS 1 DPOPG O36 21 -0.70 15.9994 ; qtot: 37 LC 1 DPOPG C37 21 0.80 12.0110 ; qtot: 38 LO 1 DPOPG O38 21 -0.60 15.9994 ; qtot: 39 LP2 1 DPOPG C39 22 0 14.0270 ; qtot: 40 LP2 1 DPOPG C40 23 0 14.0270 ; qtot: 41 LP2 1 DPOPG C41 24 0 14.0270 ; qtot: 42 LP2 1 DPOPG C42 25 0 14.0270 ; qtot: 43 LP2 1 DPOPG C43 26 0 14.0270 ; qtot: 44 LP2 1 DPOPG C44 27 0 14.0270 ; qtot: 45 LP2 1 DPOPG C45 28 0 14.0270 ; qtot: 46 LP2 1 DPOPG C46 29 0 14.0270 ; qtot: 47 LP2 1 DPOPG C47 30 0 14.0270 ; qtot: 48 LP2 1 DPOPG C48 31 0 14.0270 ; qtot: 49 LP2 1 DPOPG C49 32 0 14.0270 ; qtot: 50 LP2 1 DPOPG C50 33 0 14.0270 ; qtot: 51 LP2 1 DPOPG C51 34 0 14.0270 ; qtot: 52 LP2 1 DPOPG C52 35 0 14.0270 ; qtot: 53 LP3 1 DPOPG C53 36 0 15.0350 ; qtot: [ bonds ] ; ai aj funct 7 8 1 0.14300E+00 0.25100E+06 8 9 1 0.16100E+00 0.25100E+06 9 10 1 0.14800E+00 0.37660E+06 9 11 1 0.14800E+00 0.37660E+06 9 12 1 0.16100E+00 0.25100E+06 12 13 1 0.14300E+00 0.25100E+06 13 14 1 0.15300E+00 0.33470E+06 14 15 1 0.14350E+00 0.25100E+06 14 35 1 0.15300E+00 0.33470E+06 15 16 1 0.13600E+00 0.37660E+06 16 17 1 0.12300E+00 0.50210E+06 16 18 1 0.15300E+00 0.33470E+06 18 19 1 0.15300E+00 0.33470E+06 19 20 1 0.15300E+00 0.33470E+06 20 21 1 0.15300E+00 0.33470E+06 21 22 1 0.15300E+00 0.33470E+06 22 23 1 0.15300E+00 0.33470E+06 23 24 1 0.15300E+00 0.33470E+06 24 25 1 0.15300E+00 0.33470E+06 25 26 1 0.13900E+00 0.41840E+06 ; double bond 26 27 1 0.15300E+00 0.33470E+06 27 28 1 0.15300E+00 0.33470E+06 28 29 1 0.15300E+00 0.33470E+06 29 30 1 0.15300E+00 0.33470E+06 30 31 1 0.15300E+00 0.33470E+06 31 32 1 0.15300E+00 0.33470E+06 32 33 1 0.15300E+00 0.33470E+06 33 34 1 0.15300E+00 0.33470E+06 35 36 1 0.14300E+00 0.25100E+06 36 37 1 0.13600E+00 0.37660E+06 37 38 1 0.12300E+00 0.50210E+06 37 39 1 0.15300E+00 0.33470E+06 39 40 1 0.15300E+00 0.33470E+06 40 41 1 0.15300E+00 0.33470E+06 41 42 1 0.15300E+00 0.33470E+06 42 43 1 0.15300E+00 0.33470E+06 43 44 1 0.15300E+00 0.33470E+06 44 45 1 0.15300E+00 0.33470E+06 45 46 1 0.15300E+00 0.33470E+06 46 47 1 0.15300E+00 0.33470E+06 47 48 1 0.15300E+00 0.33470E+06 48 49 1 0.15300E+00 0.33470E+06 49 50 1 0.15300E+00 0.33470E+06 50 51 1 0.15300E+00 0.33470E+06 51 52 1 0.15300E+00 0.33470E+06 52 53 1 0.15300E+00 0.33470E+06 1 2 1 0.10000E+00 0.31380E+06 ; standard Gromacs parameter 2 3 1 0.14300E+00 0.33472E+06 ; standard Gromacs parameter 3 4 1 0.15300E+00 0.33472E+06 ; standard Gromacs parameter 4 5 1 0.14300E+00 0.33472E+06 ; standard Gromacs parameter 5 6 1 0.10000E+00 0.31380E+06 ; standard Gromacs parameter 4 7 1 0.15300E+00 0.33472E+06 ; standard Gromacs parameter [ pairs ] ; ai aj funct 2 5 1 2 7 1 5.670071e-04 9.118883E-07 ; ffgmxnb.itp 3 8 1 5 8 1 2.827125e-04 1.321084e-07 ; ffgmxnb.itp 4 9 1 7 10 1 7 11 1 7 12 1 8 13 1 9 14 1 10 13 1 11 13 1 12 15 1 12 35 1 13 16 1 13 36 1 14 17 1 14 18 1 14 37 1 15 19 1 15 36 1 16 20 1 16 35 1 17 19 1 23 26 1 ; pair around double bond 25 28 1 ; pair around double bond 35 38 1 35 39 1 36 40 1 37 41 1 38 40 1 [ angles ] ; ai aj ak funct 4 7 8 1 0.10950E+03 0.46020E+03 7 8 9 1 0.12000E+03 0.39750E+03 8 9 10 1 0.10960E+03 0.39750E+03 8 9 11 1 0.10960E+03 0.39750E+03 8 9 12 1 0.10300E+03 0.39750E+03 9 12 13 1 0.12000E+03 0.39750E+03 10 9 11 1 0.12000E+03 0.58580E+03 10 9 12 1 0.10960E+03 0.39750E+03 11 9 12 1 0.10960E+03 0.39750E+03 12 13 14 1 0.11100E+03 0.46020E+03 13 14 15 1 0.10950E+03 0.46020E+03 13 14 35 1 0.10950E+03 0.46020E+03 14 15 16 1 0.12000E+03 0.41840E+03 14 35 36 1 0.11100E+03 0.46020E+03 15 14 35 1 0.10950E+03 0.46020E+03 15 16 17 1 0.12400E+03 0.50210E+03 15 16 18 1 0.11500E+03 0.50210E+03 16 18 19 1 0.11100E+03 0.46020E+03 17 16 18 1 0.12100E+03 0.50210E+03 18 19 20 1 0.11100E+03 0.46020E+03 19 20 21 1 0.11100E+03 0.46020E+03 20 21 22 1 0.11100E+03 0.46020E+03 21 22 23 1 0.11100E+03 0.46020E+03 22 23 24 1 0.11100E+03 0.46020E+03 23 24 25 1 0.11100E+03 0.46020E+03 24 25 26 1 120.000 502.080 ; cis thingies 25 26 27 1 120.000 502.080 ; cis thingies 26 27 28 1 0.11100E+03 0.46020E+03 27 28 29 1 0.11100E+03 0.46020E+03 28 29 30 1 0.11100E+03 0.46020E+03 29 30 31 1 0.11100E+03 0.46020E+03 30 31 32 1 0.11100E+03 0.46020E+03 31 32 33 1 0.11100E+03 0.46020E+03 32 33 34 1 0.11100E+03 0.46020E+03 35 36 37 1 0.12000E+03 0.41840E+03 36 37 38 1 0.12400E+03 0.50210E+03 36 37 39 1 0.11500E+03 0.50210E+03 37 39 40 1 0.11100E+03 0.46020E+03 38 37 39 1 0.12100E+03 0.50210E+03 39 40 41 1 0.11100E+03 0.46020E+03 40 41 42 1 0.11100E+03 0.46020E+03 41 42 43 1 0.11100E+03 0.46020E+03 42 43 44 1 0.11100E+03 0.46020E+03 43 44 45 1 0.11100E+03 0.46020E+03 44 45 46 1 0.11100E+03 0.46020E+03 45 46 47 1 0.11100E+03 0.46020E+03 46 47 48 1 0.11100E+03 0.46020E+03 47 48 49 1 0.11100E+03 0.46020E+03 48 49 50 1 0.11100E+03 0.46020E+03 49 50 51 1 0.11100E+03 0.46020E+03 50 51 52 1 0.11100E+03 0.46020E+03 51 52 53 1 0.11100E+03 0.46020E+03 1 2 3 1 0.10950E+03 0.39748E+03 ; standard Gromacs parameter 2 3 4 1 0.10950E+03 0.46024E+03 ; standard Gromacs parameter 3 4 5 1 0.10950E+03 0.46024E+03 ; standard Gromacs parameter 4 5 6 1 0.10950E+03 0.39748E+03 ; standard Gromacs parameter 5 4 7 1 0.10950E+03 0.46024E+03 ; standard Gromacs parameter 3 4 7 1 0.10950E+03 0.46024E+03 4 7 8 1 0.10950E+03 0.46024E+03 ; standard Gromacs parameter [ dihedrals ] ; ai aj ak al funct phi0 cp mult 1 2 3 4 1 0.0 1.255 3 ; standard Gromacs parameter 6 5 4 7 1 0.0 1.255 3 ; standard Gromacs parameter 5 4 7 8 1 0.0 2.092 2 ; standard Gromacs parameter 2 3 4 5 1 0.0 2.092 2 ; standard Gromacs parameter 2 3 4 7 1 0.0 5.858 3 ; standard Gromacs parameter 2 3 4 7 1 0.0 0.418 2 ; standard Gromacs parameter 3 4 5 6 1 0.0 1.255 3 ; standard Gromacs parameter 3 4 7 8 1 0.0 5.858 3 ; standard Gromacs parameter 3 4 7 8 1 0.0 0.418 2 ; standard Gromacs parameter 4 7 8 9 1 0.0 3.76 3 7 8 9 12 1 0.0 1.05 3 7 8 9 12 1 0.0 3.14 2 8 9 12 13 1 0.0 1.05 3 8 9 12 13 1 0.0 3.14 2 9 12 13 14 1 0.0 3.76 3 12 13 14 15 1 0.0 2.09 2 12 13 14 35 1 0.0 5.85 3 12 13 14 35 1 0.0 0.42 2 13 14 35 36 1 0.0 5.85 3 13 14 35 36 1 0.0 0.42 2 13 14 15 16 1 0.0 3.77 3 14 35 36 37 1 0.0 3.76 3 14 15 16 18 1 180.0 16.74 2 15 14 35 36 1 0.0 2.09 2 15 16 18 19 1 0.0 0.42 6 16 18 19 20 1 0.0 5.86 3 18 19 20 21 3 19 20 21 22 3 20 21 22 23 3 21 22 23 24 3 22 23 24 25 3 23 24 25 26 1 0.000 5.858 3 25 26 27 28 1 0.000 5.858 3 26 27 28 29 3 27 28 29 30 3 28 29 30 31 3 29 30 31 32 3 30 31 32 33 3 31 32 33 34 3 14 35 36 37 1 0.0 3.76 3 35 36 37 39 1 180.0 16.74 2 36 37 39 40 1 0.0 0.42 6 37 39 40 41 1 0.0 5.86 3 39 40 41 42 3 40 41 42 43 3 41 42 43 44 3 42 43 44 45 3 43 44 45 46 3 44 45 46 47 3 45 46 47 48 3 46 47 48 49 3 47 48 49 50 3 48 49 50 51 3 49 50 51 52 3 50 51 52 53 3 [ dihedrals ] ; ai aj ak al funct 14 15 35 13 2 35.264 0.33470E+03 16 15 18 17 2 0.00000E+00 0.16740E+03 37 36 39 38 2 0.00000E+00 0.16740E+03 24 25 26 27 2 0.000 167.360 4 5 7 3 2 35.264 0.33472E+03 ; standard Gromacs parameters #ifdef POSRES_LIPID #include "lipid_posre.itp" #endif [ moleculetype ] ; Name nrexcl LPOPG 3 [ atoms ] ; nr type resnr residu atom cgnr charge mass 1 HO 1 LPOPG H1 0 0.4170 1.0080 ; qtot:0.36 2 OA 1 LPOPG O2 0 -0.5740 15.9994 ; qtot:0.72 3 LH2 1 LPOPG C3 0 0.1570 14.0270 ; qtot:1.08 4 LH1 1 LPOPG C4 1 0.1570 13.0190 ; qtot:0.76 5 OA 1 LPOPG O5 1 -0.5740 15.9994 ; qtot:1.0 6 HO 1 LPOPG H6 1 0.4170 1.0080 ; qtot:1.0 7 LC2 1 LPOPG C7 2 0.4000 14.0270 ; 8 LOS 1 LPOPG O8 2 -0.800 15.9994 ; qtot:0.54 9 LP 1 LPOPG P9 2 1.700 30.9738 ; qtot:2.3 10 LOM 1 LPOPG O10 2 -0.800 15.9994 ; qtot:1.5 11 LOM 1 LPOPG O11 2 -0.800 15.9994 ; qtot:0.7 12 LOS 1 LPOPG O12 2 -0.700 15.9994 ; qtot:0 13 LC2 1 LPOPG C13 3 0.400 14.0270 ; qtot:0.08 14 LH1 1 LPOPG C14 3 0.300 13.0190 ; qtot:0.52 15 LOS 1 LPOPG O15 3 -0.700 15.9994 ; qtot:-0.14 16 LC 1 LPOPG C16 3 0.7000 12.0110 ; qtot:0.56 17 LO 1 LPOPG O17 3 -0.700 15.9994 ; qtot:0.0 18 LP2 1 LPOPG C18 4 0.0 14.0270 ; qtot: 19 LP2 1 LPOPG C19 5 0 14.0270 ; qtot: 20 LP2 1 LPOPG C20 6 0 14.0270 ; qtot: 21 LP2 1 LPOPG C21 7 0 14.0270 ; qtot: 22 LP2 1 LPOPG C22 8 0 14.0270 ; qtot: 23 LP2 1 LPOPG C23 9 0 14.0270 ; qtot: 24 LP2 1 LPOPG C24 10 0 14.0270 ; qtot: 25 LH1 1 LPOPG C25 11 0 13.0190 ; qtot: 26 LH1 1 LPOPG C26 12 0 13.0190 ; qtot: 27 LP2 1 LPOPG C27 13 0 14.0270 ; qtot: 28 LP2 1 LPOPG C28 14 0 14.0270 ; qtot: 29 LP2 1 LPOPG C29 15 0 14.0270 ; qtot: 30 LP2 1 LPOPG C30 16 0 14.0270 ; qtot: 31 LP2 1 LPOPG C31 17 0 14.0270 ; qtot: 32 LP2 1 LPOPG C32 18 0 14.0270 ; qtot: 33 LP2 1 LPOPG C33 19 0 14.0270 ; qtot: 34 LP3 1 LPOPG C34 20 0 15.0350 ; 35 LC2 1 LPOPG C35 21 0.50 14.0270 ; qtot: 36 LOS 1 LPOPG O36 21 -0.70 15.9994 ; qtot: 37 LC 1 LPOPG C37 21 0.80 12.0110 ; qtot: 38 LO 1 LPOPG O38 21 -0.60 15.9994 ; qtot: 39 LP2 1 LPOPG C39 22 0 14.0270 ; qtot: 40 LP2 1 LPOPG C40 23 0 14.0270 ; qtot: 41 LP2 1 LPOPG C41 24 0 14.0270 ; qtot: 42 LP2 1 LPOPG C42 25 0 14.0270 ; qtot: 43 LP2 1 LPOPG C43 26 0 14.0270 ; qtot: 44 LP2 1 LPOPG C44 27 0 14.0270 ; qtot: 45 LP2 1 LPOPG C45 28 0 14.0270 ; qtot: 46 LP2 1 LPOPG C46 29 0 14.0270 ; qtot: 47 LP2 1 LPOPG C47 30 0 14.0270 ; qtot: 48 LP2 1 LPOPG C48 31 0 14.0270 ; qtot: 49 LP2 1 LPOPG C49 32 0 14.0270 ; qtot: 50 LP2 1 LPOPG C50 33 0 14.0270 ; qtot: 51 LP2 1 LPOPG C51 34 0 14.0270 ; qtot: 52 LP2 1 LPOPG C52 35 0 14.0270 ; qtot: 53 LP3 1 LPOPG C53 36 0 15.0350 ; qtot: [ bonds ] ; ai aj funct 7 8 1 0.14300E+00 0.25100E+06 8 9 1 0.16100E+00 0.25100E+06 9 10 1 0.14800E+00 0.37660E+06 9 11 1 0.14800E+00 0.37660E+06 9 12 1 0.16100E+00 0.25100E+06 12 13 1 0.14300E+00 0.25100E+06 13 14 1 0.15300E+00 0.33470E+06 14 15 1 0.14350E+00 0.25100E+06 14 35 1 0.15300E+00 0.33470E+06 15 16 1 0.13600E+00 0.37660E+06 16 17 1 0.12300E+00 0.50210E+06 16 18 1 0.15300E+00 0.33470E+06 18 19 1 0.15300E+00 0.33470E+06 19 20 1 0.15300E+00 0.33470E+06 20 21 1 0.15300E+00 0.33470E+06 21 22 1 0.15300E+00 0.33470E+06 22 23 1 0.15300E+00 0.33470E+06 23 24 1 0.15300E+00 0.33470E+06 24 25 1 0.15300E+00 0.33470E+06 25 26 1 0.13900E+00 0.41840E+06 ; double bond 26 27 1 0.15300E+00 0.33470E+06 27 28 1 0.15300E+00 0.33470E+06 28 29 1 0.15300E+00 0.33470E+06 29 30 1 0.15300E+00 0.33470E+06 30 31 1 0.15300E+00 0.33470E+06 31 32 1 0.15300E+00 0.33470E+06 32 33 1 0.15300E+00 0.33470E+06 33 34 1 0.15300E+00 0.33470E+06 35 36 1 0.14300E+00 0.25100E+06 36 37 1 0.13600E+00 0.37660E+06 37 38 1 0.12300E+00 0.50210E+06 37 39 1 0.15300E+00 0.33470E+06 39 40 1 0.15300E+00 0.33470E+06 40 41 1 0.15300E+00 0.33470E+06 41 42 1 0.15300E+00 0.33470E+06 42 43 1 0.15300E+00 0.33470E+06 43 44 1 0.15300E+00 0.33470E+06 44 45 1 0.15300E+00 0.33470E+06 45 46 1 0.15300E+00 0.33470E+06 46 47 1 0.15300E+00 0.33470E+06 47 48 1 0.15300E+00 0.33470E+06 48 49 1 0.15300E+00 0.33470E+06 49 50 1 0.15300E+00 0.33470E+06 50 51 1 0.15300E+00 0.33470E+06 51 52 1 0.15300E+00 0.33470E+06 52 53 1 0.15300E+00 0.33470E+06 1 2 1 0.10000E+00 0.31380E+06 ; standard Gromacs parameter 2 3 1 0.14300E+00 0.33472E+06 ; standard Gromacs parameter 3 4 1 0.15300E+00 0.33472E+06 ; standard Gromacs parameter 4 5 1 0.14300E+00 0.33472E+06 ; standard Gromacs parameter 5 6 1 0.10000E+00 0.31380E+06 ; standard Gromacs parameter 4 7 1 0.15300E+00 0.33472E+06 ; standard Gromacs parameter [ pairs ] ; ai aj funct 2 5 1 2 7 1 5.670071e-04 9.118883E-07 ; ffgmxnb.itp 3 8 1 5 8 1 2.827125e-04 1.321084e-07 ; ffgmxnb.itp 4 9 1 7 10 1 7 11 1 7 12 1 8 13 1 9 14 1 10 13 1 11 13 1 12 15 1 12 35 1 13 16 1 13 36 1 14 17 1 14 18 1 14 37 1 15 19 1 15 36 1 16 20 1 16 35 1 17 19 1 23 26 1 ; pair around double bond 25 28 1 ; pair around double bond 35 38 1 35 39 1 36 40 1 37 41 1 38 40 1 [ angles ] ; ai aj ak funct 4 7 8 1 0.10950E+03 0.46020E+03 7 8 9 1 0.12000E+03 0.39750E+03 8 9 10 1 0.10960E+03 0.39750E+03 8 9 11 1 0.10960E+03 0.39750E+03 8 9 12 1 0.10300E+03 0.39750E+03 9 12 13 1 0.12000E+03 0.39750E+03 10 9 11 1 0.12000E+03 0.58580E+03 10 9 12 1 0.10960E+03 0.39750E+03 11 9 12 1 0.10960E+03 0.39750E+03 12 13 14 1 0.11100E+03 0.46020E+03 13 14 15 1 0.10950E+03 0.46020E+03 13 14 35 1 0.10950E+03 0.46020E+03 14 15 16 1 0.12000E+03 0.41840E+03 14 35 36 1 0.11100E+03 0.46020E+03 15 14 35 1 0.10950E+03 0.46020E+03 15 16 17 1 0.12400E+03 0.50210E+03 15 16 18 1 0.11500E+03 0.50210E+03 16 18 19 1 0.11100E+03 0.46020E+03 17 16 18 1 0.12100E+03 0.50210E+03 18 19 20 1 0.11100E+03 0.46020E+03 19 20 21 1 0.11100E+03 0.46020E+03 20 21 22 1 0.11100E+03 0.46020E+03 21 22 23 1 0.11100E+03 0.46020E+03 22 23 24 1 0.11100E+03 0.46020E+03 23 24 25 1 0.11100E+03 0.46020E+03 24 25 26 1 120.000 502.080 ; cis thingies 25 26 27 1 120.000 502.080 ; cis thingies 26 27 28 1 0.11100E+03 0.46020E+03 27 28 29 1 0.11100E+03 0.46020E+03 28 29 30 1 0.11100E+03 0.46020E+03 29 30 31 1 0.11100E+03 0.46020E+03 30 31 32 1 0.11100E+03 0.46020E+03 31 32 33 1 0.11100E+03 0.46020E+03 32 33 34 1 0.11100E+03 0.46020E+03 35 36 37 1 0.12000E+03 0.41840E+03 36 37 38 1 0.12400E+03 0.50210E+03 36 37 39 1 0.11500E+03 0.50210E+03 37 39 40 1 0.11100E+03 0.46020E+03 38 37 39 1 0.12100E+03 0.50210E+03 39 40 41 1 0.11100E+03 0.46020E+03 40 41 42 1 0.11100E+03 0.46020E+03 41 42 43 1 0.11100E+03 0.46020E+03 42 43 44 1 0.11100E+03 0.46020E+03 43 44 45 1 0.11100E+03 0.46020E+03 44 45 46 1 0.11100E+03 0.46020E+03 45 46 47 1 0.11100E+03 0.46020E+03 46 47 48 1 0.11100E+03 0.46020E+03 47 48 49 1 0.11100E+03 0.46020E+03 48 49 50 1 0.11100E+03 0.46020E+03 49 50 51 1 0.11100E+03 0.46020E+03 50 51 52 1 0.11100E+03 0.46020E+03 51 52 53 1 0.11100E+03 0.46020E+03 1 2 3 1 0.10950E+03 0.39748E+03 ; standard Gromacs parameter 2 3 4 1 0.10950E+03 0.46024E+03 ; standard Gromacs parameter 3 4 5 1 0.10950E+03 0.46024E+03 ; standard Gromacs parameter 4 5 6 1 0.10950E+03 0.39748E+03 ; standard Gromacs parameter 5 4 7 1 0.10950E+03 0.46024E+03 ; standard Gromacs parameter 3 4 7 1 0.10950E+03 0.46024E+03 4 7 8 1 0.10950E+03 0.46024E+03 ; standard Gromacs parameter [ dihedrals ] ; ai aj ak al funct phi0 cp mult 1 2 3 4 1 0.0 1.255 3 ; standard Gromacs parameter 6 5 4 7 1 0.0 1.255 3 ; standard Gromacs parameter 5 4 7 8 1 0.0 2.092 2 ; standard Gromacs parameter 2 3 4 5 1 0.0 2.092 2 ; standard Gromacs parameter 2 3 4 7 1 0.0 5.858 3 ; standard Gromacs parameter 2 3 4 7 1 0.0 0.418 2 ; standard Gromacs parameter 3 4 5 6 1 0.0 1.255 3 ; standard Gromacs parameter 3 4 7 8 1 0.0 5.858 3 ; standard Gromacs parameter 3 4 7 8 1 0.0 0.418 2 ; standard Gromacs parameter 4 7 8 9 1 0.0 3.76 3 7 8 9 12 1 0.0 1.05 3 7 8 9 12 1 0.0 3.14 2 8 9 12 13 1 0.0 1.05 3 8 9 12 13 1 0.0 3.14 2 9 12 13 14 1 0.0 3.76 3 12 13 14 15 1 0.0 2.09 2 12 13 14 35 1 0.0 5.85 3 12 13 14 35 1 0.0 0.42 2 13 14 35 36 1 0.0 5.85 3 13 14 35 36 1 0.0 0.42 2 13 14 15 16 1 0.0 3.77 3 14 35 36 37 1 0.0 3.76 3 14 15 16 18 1 180.0 16.74 2 15 14 35 36 1 0.0 2.09 2 15 16 18 19 1 0.0 0.42 6 16 18 19 20 1 0.0 5.86 3 18 19 20 21 3 19 20 21 22 3 20 21 22 23 3 21 22 23 24 3 22 23 24 25 3 23 24 25 26 1 0.000 5.858 3 25 26 27 28 1 0.000 5.858 3 26 27 28 29 3 27 28 29 30 3 28 29 30 31 3 29 30 31 32 3 30 31 32 33 3 31 32 33 34 3 14 35 36 37 1 0.0 3.76 3 35 36 37 39 1 180.0 16.74 2 36 37 39 40 1 0.0 0.42 6 37 39 40 41 1 0.0 5.86 3 39 40 41 42 3 40 41 42 43 3 41 42 43 44 3 42 43 44 45 3 43 44 45 46 3 44 45 46 47 3 45 46 47 48 3 46 47 48 49 3 47 48 49 50 3 48 49 50 51 3 49 50 51 52 3 50 51 52 53 3 [ dihedrals ] ; ai aj ak al funct 14 15 35 13 2 35.264 0.33470E+03 16 15 18 17 2 0.00000E+00 0.16740E+03 37 36 39 38 2 0.00000E+00 0.16740E+03 24 25 26 27 2 0.000 167.360 4 5 7 3 2 -35.264 0.33472E+03 ; standard Gromacs parameters #ifdef POSRES_LIPID #include "lipid_posre.itp" #endif